En 1496, Juana fue enviada a Flandes para casarse con Felipe I el Hermoso, heredero de los Habsburgo e hijo del Emperador Maximiliano I. El matrimonio sellaba una alianza estratégica entre Castilla y la casa más poderosa del centro de Europa que ponían en jaque al Frances.

La relación fue profundamente desigual. Juana, educado en un ambiente donde el ejemplo de una mujer fuerte era su madre Isabel la Católica,  desarrolló una dependencia emocional extrema hacia Felipe, mientras él la utilizó como fuente de legitimidad política, rodeándose de nobles flamencos y marginándola del poder real. La corte borgoñona era fría, distante, hostil y que según la costumbre el poder era para el hombre. Esto fue un centro de conflicto para una reina castellana criada en otro código cultural.

Cuando repentinamente murieron los hermanos mayores de Juana y ella pasó de ser infanta secundaria a heredera de Castilla.. las ambiciones de Felipe I quedaron evidentes y tras la muerte de Isabel en 1504, se convirtió en reina. Sin embargo, el poder efectivo quedó en disputa entre Felipe y Fernando el Católico.
La muerte repentina de Felipe en 1506 marcó un quiebre definitivo: Juana quedó viuda, aislada y políticamente vulnerable, mientras su conducta era observada y reinterpretada bajo el prisma de la conveniencia política… el Cardenal Cisneros, confidente de los Reyes Católicos, llamo con urgencia a Fernando a que regresase a Castilla.